基层工会主席直选是指由会员或者会员代表直接投票选举产生工会主席、副主席，此种方式有别於由工会委员会全体会议选举产生工会主要领导。基层工会主席直选的设想最早出现于1988年全总第十届执委会第6次会议通过的《工会改革的基本设想》。在这个档中，全总提出，各级工会领导人都应经严格的民主程序选举产生，基层工会的民主选举可以自下而上地提名候选人，提倡候选人直接与会员见面，有条件的基层工会委员会可以逐步实行由会员直接选举产生。但是，这个设想随著1989年中国民主运动的失败而未能实现。1997年11月，全总在《关於推进工会改革和建设若干问题的意见》中提出，中小企事业单位的工会主席、副主席，应由会员（代表）大会直接民主选举。2001年，全总在中国东部和东南部沿海城市的外资企业进行了直选工会主席的试验，2003年，工会直选在东南沿海的城市逐渐普及。例如，在浙江省杭州市余杭区的大中型私营企业中，已经有70%的企业工会主席是通过直选的方式产生的；在广东省12万个基层工会中，有三分之一的基层工会主席是通过直选方式产生的。2003年9月，来自全总的消息证实，《基层工会主席直接选举条例》正在起草过程中。
根据全总的意图，工会主席直选更适宜在职工人数较少、规模不大的中小基层单位推行，但是，全总在其发布的有关文件中并没有对工会主席直选的程式作出具体的规定。从各地方工会发布的有关档中可以发现，这种直选的方式不过是一种选举程式上的变化。按照这些档的规定，工会主席人选的推荐办法包括，以工会小组或分厂、车间、科室工会为单位推荐；同级党组织、上级工会和上一届工会委员会推荐；会员自荐等。一份在浙江的实地调查报告披露，私营企业工会大多采用由党支部书记、上届工会领导、公司高层行政主管、车间主任、公司人事干部等人组成选举筹备组，由筹备组提名产生工会主席人选候选人的方式，会员自荐和会员集体推荐等方式都很难见到。不过，一些试点地区的工会已经规定，在工会主席直选中，“企业的老板和其直系亲属没有资格做候选人，企业行政领导也不宜被提名。”
到本报告完成之时，企业工会主席直选仍然处在试点的过程中，未能大面积推广。此种方式得到中国国内工会界人士的肯定，认为这是全总系统改革的一个起点。而来自全总系统的消息也说明，工会主席直选对维护工人的权益具有一定的促进作用。例如，浙江雅加公司在2001年成为浙江省杭州市余杭区工会直选的试点，该公司工会主席透露，他上任后为工人作的第一件事就是与公司达成一项协议，当公司利润增长到一定程度后，利润每增长一个百分点，工人工资就增长15％。在杭州市余杭区、余姚市两地开展企业工会主席直选后，所有参与直选的企业工会都已经代表职工与企业主签订了《工资集体协商协议书》，这种协定保证了职工可以获得当地最低工资，督促企业按时支付工资，并确保职工工资每年以5％ - 8％的速度增长。
在中国国内，也有媒体认为，在加入全球供应链的企业中，推行工会主席直选方式是出於对欧美客户（销售商）的“迎合”，因为在中国加入世贸组织前后，这些企业陆续与客户们签订了必须接受劳工权益保护评估的协定，根据协定，如果评估不合要求，企业将失去订单。例如，在上面提到的雅加公司，管理方每年要接受其客户 - 美国某著名鞋业销售商对其在工资发放、生产环境、员工安全保护等方面的评估。雅加公司所在地的余杭区总工会主席指出，由外部刺激引起企业劳资关系变化的不只是雅加公司，“这样的例子太多了。”
然而，全总高层对跨国公司和外国销售商促进了工会主席直选一事持否认的态度。全总一位副主席指出，目前有一些外商或外资企业通过订单、合同等附加条件，提出参与或组织工会的选举等等，都是不符合中国有关法律及工会章程规定的。但是，地方工会的干部却承认这些公司和销售商在推进工会主席直选中的作用。广东省总工会一位部门负责人说，一些欧美企业在下订单的时候，要进行“劳工权益评估”，国内一些企业迫于客户“撤订单”的压力，开始尊重职工权益。但是这种对职工权益的尊重，更多的是“尊重订单”。