集体合同制度
中国《劳动法》和《工会法》均规定了企业工人有进行集体谈判的权利，这项权利在中国官方的称谓中是“平等协商和签订集体合同”。上个世纪90年代中期，全总利用《劳动法》出台的机会，以国有企业为基本单位，建立了“平等协商和集体合同制度”。这种集体谈判制度的结构是以企业为协商（谈判）单位，具有高度分散型的(highly decentralized)的特点，在设计集体谈判的结构时，全总显然是有一定的政治考虑，即这种高度分散型的结构在一定程度上可以避免因区域性和行业性集体谈判所导致的大面积的劳资纠纷。
报告期内，集体合同仍然是全总的工作重点，以下是全总在不同场合公布的有关集体合同制度的进展情况。2000年12月底，全国建立平等协商和集体合同制度的企业达42万家，覆盖职工 7570万人；有 10个省、自治区、直辖市颁布了地方性集体合同法规。2001年11月，建立平等协商和集体合同制度的企业达51万多家，覆盖职工7570万人。2002年底，建立平等协商集体合同制度的企业有30.86万家，覆盖职6167.59多万人；签订区域性集体合同6.53万份，覆盖企业74.29万家，覆盖职工2071.25万人；签订行业性集体合同1.8万份，覆盖企业21.91万家，覆盖职1.12亿人；有13.53万家企业开展了工资集体协商，签订了工资集体协议，有16个省、自治区、直辖市出台了地方性集体合同法规。2003年底，全国共签订集体合同67．29万份，覆盖企业121.4万家，覆盖职工1.035亿人。2004年9月13日，全总承认，全国仍有一半以上的企业和职工没有被集体合同制度所覆盖，各地区集体合同发展不平衡；全总宣称，到2008年，力争全国集体合同覆盖职工达到6成以上。
全总注意到，这种分散型的集体谈判结构在中小型私营企业难以得到推行，因为这类企业具有数量多、分布广、规模小、职工流动率高、企业工会组建率低等特点。为解决这些问题，全总主张，由区域层次的工会承担集体谈判的角色。全总提出，“在小型外商投资企业和私营企业比较集中的地区，可以组建行业或区域工会联合会，代表职工与企业进行集体协商和签订集体合同”，全总还提出三种集体合同的形式：第一，由各级工会联合会制定集体合同范本，指导建立有工会组织的企业与雇主签订集体合同。第二，由工会联合会代表企业的职工与雇主签订集体合同。第三，由工会联合会代表企业的职工与雇主协会签订合同。
当全总通过上述模式将集体谈判的结构提升到区域层次之后，集体合同的条款已经无法顾及企业的具体情况，集体合同的“形式化”趋势愈加明显。在那些建立了工会的私营企业中，工会的谈判角色已经由企业所在地的工会所取代，而承担这一角色的行业或区域工会联合会也无需与企业雇主进行实质性的谈判，因为上级工会已经发布集体合同范本，企业雇主只需签字盖章即可。例如，广东省总工会曾发布《广东省企业集体合同参考文本》，根据这一文本，广东省中山市制订了《中山市私营企业集体合同参考文本》，这类合同范本已经成为这些工会联合会与私营企业签订的集体合同的正式文本。
三方协商机制
上个世纪末，在劳动和社会保障部的主持和推动下，中国开始建立各级政府协调三方劳动关系会议制度(以下简称“三方协商机制”)，这种协调制度是由各级政府的劳动和社会保障部门、工会组织、雇主组织派出代表，组成协调机构，召开协调会议，对涉及劳动关系的重大问题进行沟通和协商，对拟订有关劳动和社会保障法规以及涉及三方利益调整的重大改革方案和政策措施提出建议。全总积极参与这个制度的组建和运作，希望通过这一制度，将各级工会对立法的参与发展为对政策制定的参与。为此，全总要求，各级工会要参与各级政府再就业配套政策和优惠政策的制定，要及时向党政部门反映下岗失业人员的愿望和要求，有重点、有针对性地提出切实可行的政策主张和建议。2001年6月，全总与劳动和社会保障部召开联席会议，发布了《关於进一步加强劳动法律监督工作联席会议纪要》。2001年8月，全总与劳动和社会保障部、中国企业联合会／企业家协会召开会议，原则通过了《关於建立国家协调劳动关系三方会议制度的意见》，正式建立了政府协调劳动关系三方会议制度。2002年8月13日，劳动和社会保障部、全国总工会、中国企业联合会和中国企业家协会联合发布《关於建立健全劳动关系三方协调机制的指导意见》。截至2002年底，全国已有30个省、自治区、直辖市建立了三方协商机制，此后，这种机制向地（市）、县（市、区）、乡镇、街道及行业延伸。
2002年，国际劳工组织派员对中国三方协商机制进行了实地考察，此后，在该小组主要成员Simon Clarke和Chang Hee Lee发表的一篇论文中，谈及了这种机制的效果和存在问题。他们发现，在这个机制中，将政府一方的代表定义为劳动和社会保障部门是制度的缺陷所在。他们认为，在现实中有很多与工人利益有关的问题并不是这个政府行政部门可以解决的。例如，因工厂搬迁造成工人失业、工人在集体维权行动中提出惩治腐败官员的诉求、下岗失业工人要求提高生活待遇等等，解决这些问题已经超出了政府劳动行政部门的许可权。他们还认为，这一制度涉及的有些事项实际上就是劳动行政部门本身的职责所在，例如确定工资指导线、调整最低工资标准等，这些事项无需再和工会与雇主组织协商。他们指出，中国三方协商机制的架构是与有关社会对话的国际劳工组织公约相违背的，在这类公约中，参加对话的的组织应当是独立的组织，而他们在考察中发现，工会和雇主组织实际上是依附於政府的，因此在这样的三方会议中，没有什么争论的焦点和难点问题，在基层企业已经明显化的劳资矛盾也无法在协商会议中显现出来。这样一来，作为解决社会矛盾、解决劳资矛盾的三方协商会议实际上是在一种超和睦的环境中进行的，这样的会议当然也就解决不了真正的问题。